I file di sistema

Se abbiamo usato l'opzione "/S" nel comando "FORMAT", il DOS passa alla quarta fase di preparazione del dischetto.
Di seguito al boot record ed alla FAT, vengono registrati i file IO.SYS e MSDOS.SYS. Questi file vengono registrati come invisibili, così che un comando "DIR" non li possa elencare. Viene anche registrato il file COMMAND.COM, questo visibile.
L'esistenza dei tre file di sistema viene registrata nel boot record di modo che, se il disco è presente in un drive al momento dell'accensione del computer, il sistema operativo possa essere caricato in memoria.