Anche il disco rigido che troviamo all'interno del computer deve essere preparato prima di permettere la registrazione di dati. La procedura di preparazione, suddivisa nella quattro fasi, è identica a quella dei dischetti da 5,25 e da 3,5 pollici:

- formattazione;
- creazione boot record;
- creazione FAT;
- registrazione file di sistema.

Le differenze fra dischetti e dischi rigidi consistono anche nel fatto che i secondi sono in metallo anziché in plastica e che sono rinchiusi sotto vuoto d'aria in un guscio di ferro. La mancanza di polvere e di sporchi, la stabilità data dal metallo e la maggiore densità che la sostanza magnetizzabile può avere, consentono capacità di formattazione molto superiori ai floppy.
Un disco rigido da 3,45 pollici può contenere 40Mb. Riunendo in uno stesso involucro più elementi, si ottiene un disco rigido di grande capacità, come 600Mb, 800Mb ed oltre.

Il comando di preparazione del disco è sempre FORMAT, salvo che il parametro /f è inutile e che la lettera che identifica il disco rigido è C. Il DOS è già in grado di sapere le caratteristiche del disco, in quanto questo è tutt'uno con il drive e le capacità coincidono per forza di cose.
Essendo il disco rigido principale del vostro computer, dovrebbe sempre essere data l'opzione /s per renderlo un disco di sistema, e quindi di avvio. Se non lo faceste, potreste accendere il computer solo con i dischetti.
Normalmente i computer vengono forniti dalla casa produttrice già con il disco rigido preparato. Può però sorgere l'esigenza di riprepararlo qualora sorgano degli errori di lettura o scrittura.
In questo caso inserite un dischetto di sistema da 5,25 o da 3,5 pollici in un drive ed accendete il computer. Non appena appare il prompt, digitate
 

A:\> FORMAT C: /v:NOMEDISCO/s

Non è possibile dare il comando FORMAT per il disco C se il prompt ci dice che stiamo lavorando proprio sul disco C. Il drive indicato dalla lettera del prompt e quello che si vuole preparare devono essere diversi.

Anche se è visto dal DOS come un solo drive, a volte il disco rigido è composto da più elementi, all'interno della stessa custodia. La formattazione ha, in questo caso, la particolarità di definire prima la traccia 0 su tutti i dischi, per poi passare alla traccia 1 e così via.
In questo caso il DOS usa l'espressione cilindro per indicare la stessa traccia di tutti i dischi. La definizione deriva dal fatto che nei modelli composti da numerosi dischi di metallo, la sovrapposizione delle tracce circolari forma un ideale cilindro.