Come terza fase, il DOS provvede a creare sul disco la FAT, "File Allocation Table", cioè la tabella di indirizzamento dei file, essenziale per poter registrare un documento nei blocchi liberi del dischetto e, in seguito, poterlo rintracciare per leggerlo.

Ogni blocco di dati creato sul disco, può essere trovato conoscendone il numero di traccia e quello di settore. Il DOS andrà a cercarlo, per registrarvi dati o per leggerli, come se fosse un posto a teatro. Il quinto posto della terza fila, in questo caso è il blocco della traccia 4, settore 3.
Come la cassiera del teatro ha uno schema con tutti i posti della sala ed i nomi degli acquirenti, così il DOS deve avere uno schema dal quale possa sapere quali blocchi sono ancora liberi, quali occupati e da quali documenti: questo è la FAT.
Se chiediamo al nostro sistema operativo di registrare un file sul dischetto, il DOS deve prima di tutto cercare un blocco libero, quindi iniziare a registrarvi il documento. Se il file è troppo lungo per entrare in un solo blocco, il DOS deve trovare un secondo blocco, e così via.
Ma in questo modo il nostro file verrà spezzettato in tanto blocchi. Se il dischetto è nuovo, appena formattato, non c'è problema. Se invece vi sono già file registrati, alcuni dei quali sono stati in seguito cancellati, è molto probabile che non vi siano abbastanza blocchi libero l'uno di seguito all'altro.
Il DOS deve quindi registrare il file in blocchi sparsi, a volte ben lontani l'uno dall'altro. Come se una cassiera di un teatro dovesse sistemare una comitiva di giapponesi in una sala ormai quasi piena.
La FAT deve indicare non solo quali blocchi sono ancora liberi, quali occupati e da quali documenti, ma anche qual'è, fra i tanti blocchi occupati da un file, il primo. Perché, ovviamente, quando andremo a leggere il documento, dovremo iniziare dal primo blocco. La cassiera deve segnare quali sono i posti occupati dalla comitiva giapponese e, fra questi, qual'è quello del capocomitiva.
Appena creata, la FAT non segnala l'esistenza di nessun documento e tutti i blocchi sono contrassegnati come liberi, essendo il dischetto totalmente vuoto. Anzi, pieno solo di tanti zeri.
La FAT viene registrata nei blocchi immediatamente successivi al boot record. La lunghezza della FAT, e quindi di quanti blocchi è composta, dipende dalla capacità del dischetto e dal numero di blocchi che sono stati formattati. Questi dati vengono annotati nel boot record stesso, sempre per permettere al DOS, in seguito, di poterla leggere correttamente.
Per motivi di sicurezza, viene anche conservata una copia della FAT che serva di riscontro in caso di errori di lettura.
Alcuni blocchi seguenti alla FAT, sempre sulla traccia 0, vengono lasciati liberi per poter servire alla registrazione dell'elenco dei nomi dei file registrati sul disco, con le loro caratteristiche ed attributi. Se, ad esempio, sono invisibili.

Quando il comando "FORMAT" è stato seguito dall'opzione "/q", il DOS ha saltato la fase di formattazione, lasciando inalterati i blocchi con i dati precendentemente registrati. Tuttavia, per poter rendere di nuovo il dischetto totalmente utilizzabile, la FAT viene comunque ricreata e non indica la presenza di alcun file. I blocchi, anche se in realtà contengono dei dati registrati, vengono contrassegnati come liberi.